Riksrevisionen har identifierat oklarheter i myndighetens redovisning av återbetalda medlemsavgifter. SMHI fonderar och redovisar de återbetalda medlemsavgifterna som en fordran vilket resulterar i ett missvisande anslagsutfall med motsvarande belopp. Riksrevisionen rekommenderar SMHI att ta kontakt med regeringen och Ekonomistyrningsverket för att reda ut oklarheterna.