Enligt Vetenskapsrådets instruktion ska det vid myndigheten finnas ämnesråd. Vissa av ämnesrådsledamöterna utses av regeringen och arvoden till dessa regleras i förordning (1992:1299) om ersättning för uppdrag i statliga styrelser, nämnder och råd m.m. och i tillhörande regeringsbeslut om indelning i kategorier. Vetenskapsrådet har betalat ut ersättning till ämnesrådsledamöterna i strid med gällande förordning och beslut.