Samhall har utretts ett antal gånger sedan bolagiseringen i början av 1990-talet. Flera av utredningarna tar upp att Samhalls uppdrag rymmer motsättningar mellan målen för affärsverksamheten och målen för den arbetsmarknadspolitiska verksamheten. Flera utredningar pekar på att Samhall i huvudsak levt upp till de mål som ägaren beslutat om men att kraven på de arbeten som Samhall kan erbjuda har ökat över tid, vilket gjort att det krävs högre arbetsförmåga hos personer som anställs i bolaget. Även statens modell för att finansiera Samhall genom merkostnadsersättningen har utretts.
1999 konstaterade dåvarande Riksrevisionsverket att Samhall nådde ägarens mål, men att det var fel målgrupp som möjliggjorde detta vilket innebar att det ändå fanns skäl att ifrågasätta måluppfyllelsen.[391] Riksrevisionsverket pekade också på att offentliga besparingar och en succesiv minskning av merkostnadsersättningen hade tvingat Samhall att prioritera verksamhetens kostnadseffektivitet. Enligt Riksrevisionsverket hade Samhalls prioritering av kostnadseffektiviteten blivit ett outtalat mål som stod i konflikt med kravet att arbetet ska vara rehabiliterande.
2003 pekade en statlig utredning (SOU 2003:56) på att Samhalls verksamhet av affärsmässiga skäl hade blivit mer specialiserad till stora kunder och till mer storskalig produktion.[392] Enligt utredningen var det en konsekvens av att det blivit allt svårare att förena målen för Samhalls affärsverksamhet och de arbetsmarknadspolitiska och sociala målen. Utredningens samlade bedömning var att Samhall, utifrån gällande förutsättningar, genomfört sin uppgift på ett godtagbart sätt men att det fanns stora utvecklingsbehov i genomförandet av det arbetsmarknadspolitiska uppdraget. Bland annat föreslog utredningen att insatsen allmänt skyddat arbete borde införas och öppnas upp för fler aktörer än Samhall.
Riksrevisionens granskning från 2008 visade att Samhall hade levt upp till regeringens mål och att Arbetsförmedlingen i stort hanterat stödet enligt regelverket.[393] Samtidigt bedömde Riksrevisionen att det blivit svårare för Arbetsförmedlingen att anvisa till Samhall på grund av högre krav på arbetsförmåga hos anställda och minskad efterfrågan på arbetskraft hos Samhall. Riksrevisionen bedömde att detta till stor del berodde på att regeringen minskat volymen för stödet samt en otillräcklig variation i Samhalls arbetsuppgifter. Riksrevisionen bedömde vidare att det fanns en potential att öka andelen övergångar och att finansieringsmodellen för Samhall inte styrde på ett ändamålsenligt sätt. Vidare ansåg Riksrevisionen att värdet av de ekonomiska mål som ägaren satt för Samhall var oklart eftersom en stor del av bolagets verksamhet finansieras med anslag. Enligt Riksrevisionen går det inte utifrån de ekonomiska målen att uttala sig om verksamheten bedrivs effektivt. Riksrevisionen pekade också på att målen kan ge upphov till oönskade styreffekter.
Riksrevisionen rekommenderade bland annat regeringen att ge Samhall i uppdrag att redovisa hur bolagets verksamhet kunde anpassas för en större variation i utbudet av arbetsuppgifter. Riksrevisionen föreslog också att regeringen borde utveckla finansieringsmodellen för att tydliggöra vad merkostnadsersättningen används till.
2012 gjorde den så kallade FunkA-utredningen en översyn av de arbetsmarknadspolitiska insatserna för personer med funktionsnedsättning som medför nedsatt arbetsförmåga.[394] Utredningen ansåg att regelverket för de olika stödformerna för målgruppen var svåröverblickbart. Utredningen föreslog därför att lönestöden vid anställning av personer med funktionsnedsättning som medför nedsatt arbetsförmåga inordnas under endast två huvudsyften - utveckling respektive trygghet.
Statskontorets utredning från 2017 visade att Samhalls krav på de anställdas arbetsförmåga har ökat i takt med att bolaget i allt större utsträckning övergått till tjänsteproduktion.[395] Statskontoret bedömde att Samhall behövt uppnå försäljningstillväxt för att kunna nå regeringens ekonomiska mål och att det i sin tur lett till att bolaget växt inom branscher där det ställs relativt höga krav på medarbetarna, till exempel lokalvård. Därmed hade också bolagets möjlighet att ta emot medarbetare med vissa typer av funktionsnedsättningar minskat. Statskontoret bedömde vidare att det fanns flera förbättringsområden och lyfte bland annat betydelsen av regeringens styrning av ekonomiska mål för vilka målgrupper som anvisas till Samhall. Statskontoret lyfte även behovet av en ökad variation av arbetsuppgifter, differentierade övergångsmål för skyddat arbete och LFU-anställningar samt bättre uppföljning av vilka som anvisas till Samhall samt av de samverkansformer och arbetssätt som utvecklats på lokal nivå mellan Arbetsförmedlingen och Samhall.
EU-kommissionen presenterade en utredning av Samhalls merkostnadsersättning i slutet av 2017.[396] Kommissionen slog fast att merkostnadsersättningens utformning var otydlig i relation till statsstödsreglerna. I enlighet med kommissionens beslut utfärdade regeringen en ny förordning (2018:1528) om statlig ersättning till Samhall Aktiebolag för en tjänst av allmänt ekonomiskt intresse som trädde i kraft den 1 januari 2019. Förordningen ska tydliggöra vilka merkostnader Samhall har och som staten kan kompensera Samhall för.